Theo cáo trạng của Viện kiểm sát nhân dân (KSND) tỉnh Thanh Hóa, vào khoảng 17h ngày 21/3/2005, trong lúc đi tìm trâu ở bờ sông cầu Chày, thuộc thôn 4, xã Yên Thịnh, huyện Yên Định, Lê Văn Mạnh thấy cháu Hoàng Thị Loan (SN 1991), ở cùng thôn đang đi vệ sinh, nên đã nảy sinh ý định hiếp dâm cháu Loan.

Sau đó, Mạnh lén lút lại gần, bịt miệng, vật cháu Loan xuống đất thực hiện hành vi hiếp dâm cháu Loan. Do cháu Loan chống cự, nên Mạnh đã túm tóc, đập đầu Loan nhiều lần xuống đất làm cháu bị ngất, nằm bất động.

Chiếc áo chi chít chữ với nội dung kêu oan được cho là của Lê Văn Mạnh được đăng tải trên mạng xã hội

Sau đó, Mạnh mang xác cháu Loan lội qua sông cầu Chày bỏ vào bụi cây rậm rạp ở bờ sông thuộc xã Xuân Minh, huyện Thọ Xuân nhằm giấu xác. Tại đây, Mạnh đã xé quần, áo của của cháu Loan làm dây quấn thắt vào cổ nạn nhân nhằm để mọi người nghĩ rằng cháu Loan tự sát; Mạnh còn dùng đất sét nhét vào âm hộ nạn nhân để che đậy hành vi hiếp dâm của mình. Thực hiện xong hành vi phạm tội, Mạnh về nhà nhà tắm rửa, thay quần áo.

Tối cùng ngày, không thấy con gái về, nên ông Hoàng Văn Hồng (bố cháu Loan) đã cùng người nhà tổ chức đi tìm con nhưng không thấy. Đến trưa ngày 22/3/2005, người dân phát hiện xác cháu Loan ở bờ sông cầu Chày, phía bên xã Xuân Minh, huyện Thọ Xuân.

Cách đó khoảng 120m có một chiếc quần soóc cạp chun nền trắng sọc đỏ. Kết quả giám định pháp y ngày 30/3/2005 cho thấy cháu Loan “chết ngạt do thắt cổ, nạn nhân có bị ngạt nước, có bị hiếp dâm”.

Cũng theo cáo trạng của Viện KSND tỉnh Thanh Hóa thì trước đó, vào ngày 7/3/2003, khi đang làm ăn ở miền Nam, Mạnh đã cùng với Bùi Ngọc Du (người cùng quê) cướp một chiếc xe máy trị giá 16 triệu đồng cùng các giấy tờ cá nhân của anh Trương Hữu Lắm, ở quận Tân Bình, Thành phố HCM.

Sau khi gây án, Du bị bắt và bị tuyên phạt 11 năm tù. Còn Mạnh bỏ trốn về quê và bị cơ quan CSĐT Công an tỉnh Đồng Nai khởi tố bị can, phát lệnh truy nã.

Ngày 20/4/2005, Mạnh bị cơ quan CSĐT Công an tỉnh Thanh Hóa bắt giữ tại nhà riêng theo lệnh bắt tạm giam của cơ quan CSĐT Công an tỉnh Đồng Nai về tội “cướp tài sản”. Tiếp đó, ngày 24/4/2005, cơ quan CSĐT công an tỉnh Thanh Hóa khởi tố bị can đối với Lê Văn Mạnh về tội “giết người, hiếp dâm trẻ em”.

Hai vụ án nêu trên sau đó được cơ quan CSĐT Công an tỉnh Thanh Hóa ra quyết định nhập lại, chuyển Viện KSND tỉnh Thanh Hóa truy tố bị cáo Lê Văn Mạnh về các tội “giết người, hiếp dâm trẻ em và cướp tài sản”.

Trong khoảng thời gian từ tháng 7/2005 đến tháng 11/2008, Lê Văn Mạnh đã trải qua nhiều phiên tòa xét xử. Tại phiên tòa phúc thẩm ngày 25/11/2008, TAND tối cao tại Hà Nội xử y án tử hình đối với Lê Văn Mạnh. Trong quá trình xét xử, gia đình cũng như bản thân Lê Văn Mạnh nhiều lần kêu oan.

Theo ông Đàm Cảnh Long - Phó trưởng Phòng giám đốc kiểm tra phụ trách thi hành án hình sự, TAND tỉnh Thanh Hóa cho biết, hiện nay Hội đồng thi hành án chưa họp và chưa quyết định cụ thể gì. Việc TAND tỉnh Thanh Hóa thông báo để gia đình làm đơn nhận tử thi đưa về an táng là một thủ tục trong thi hành án.

Thời hạn cuối cùng nhận đơn là ngày 26/10/2015 chứ không phải là ngày thi hành án. Trước đó, ngày 22/10/2015, một số luật sư đã có đơn kiến nghị khẩn cấp về việc tạm hoãn thi hành án tử hình với người bị thi hành án Lê Văn Mạnh trong vụ án “hiếp dâm trẻ em, giết người, cướp tài sản”.